Čak i za vreme ovog teškog razdoblja, nasledstvo prošlosti pobeđuje.
Okupacijsko razdoblje
Za vreme teških godina Drugog svetskog rata, Škoda postaje deo ekonomskog sistema Trećeg Reich-a. Program proizvodnje je smanjen da bi se stvorio prostor za ratnu proizvodnju.
Usprkos složenim problemima, Škoda uspeva da proizvede još jedan istaknut model – Škoda Superb.
Socijalizam i planska ekonomija
Kraj Drugog svetskog rata donosi nove promene. Sva industrija je podvrgnuta centralnom planiranju. Kontakti i razmena informacija sa inostranstvom su onemogućavani, a za to vreme se Zapad nastavlja razvijati. Preimenovana u AZNP Škoda, državno poduzeće, dobija monopol u proizvodnji ličnih vozila u Čehoslovačkoj.
